1 декабря 2014 года по благословению митрополита  Ювеналия (Пояркова) Благотворительный Фонд Московской Епархии по восстановлению порушенных святынь начал свою деятельность.

29 декабря 2014 года в Новодевичьем монастыре под председательством митрополита Ювеналия состоялось первое заседание Управляющего совета Фонда, на котором было принято решение сформировать проект регламента работы Фонда по рассмотрению заявок от приходов и монастырей Московской епархии. А также был сформирован Попечительский совет Фонда в следующем составе: митрополит Ювеналий (Поярков) и губернатор Московской области Андрей Юрьевич Воробьев — сопредседатели, епископ Серпуховской Роман, Михаил Михайлович Кузнецов, Валерий Васильевич Гаврилов, Александр Николаевич Ходырев, протоиерей Димитрий Оловянников. Секретарем Попечительского совета избран священник Василий Лосев.

20 января 2015 года Митрополит  Ювеналий (Поярков) обратился с призывом к духовенству и мирянам, общественным организациям, благотворителям и всем жителям Подмосковья принять активное участие в восстановлении порушенных святынь Подмосковья.

В 2015 году от приходов и монастырей Московской епархии в работу Экспертного совета Благотворительного Фонда было принято 28 заявок по 19 объектам, нуждающимся в восстановлении. Удовлетворено 25 заявок, из них 16 на разработку научно-проектной документации и 9 на проведение противоаварийных и ремонтно- реставрационных работ. 

В 2016 году в 3-х храмах были завершены реставрационные работы на основе ранее разработанных на средства Фонда проектов: 

13 мая 2021 года в состав Управляющего совета Благотворительного фонда Московской епархии по восстановлению порушенных святынь были включены епископ Одинцовский и Красногорский Фома, в качестве Председателя, архиепископ Подольский и Люберецкий Аксий, епископ Балашихинский и Орехово-Зуевский Николай и епископ Сергиево-Посадский и Дмитровский Фома. В состав Попечительского совета вошли протоиерей Леонид Калинин и архимандрит Илия (Руднев). Директором Фонда избран священник Василий Лосев.

До 2021 года в состав Попечительского совета входили епископ Серпуховской Роман, протоиерей Михаил Егоров, протоиерей Димитрий Оловянников. Членами Управляющего совета являлись протоиерей Константин Островский, игумен Серафим Голованов и протоиерей Владимир Шафоростов.

- Храм Вознесения в с. Сенницы Озерского района (Озерское благочиние). Великое Освящение состоялось в июле 2016 г.;

- Ильинский храм в с. Пруссы Коломенского района (Коломенское благочиние). Великое Освящение состоялось в сентябре 2016 г.;

- Воскресенский храм в с. Воскресенское Рузского района (Рузское благочиние). Великое Освящение состоялось в ноябре 2016 г.;

В 2017 году по всем принятым Управляющим советом Фонда благотворительным программам работы находятся в завершающей стадии:

- Богородицерождественский храм д. Большие Белыничи (Зарайское благочиние) – проведение второго этапа реставрационных работ.

- Воскресенский храм д. Старая Хотча (Дубненско-Талдомское благочиние) - проведение второго этапа противоаварийных работ.

- Церковь Рождества Пресвятой Богородицы с. Никольское (Рузское благочиние) - проведение второго этапа противоаварийных работ.

- Скорбященский храм с. Пересветово (Дмитровское благочиние) – проведение первого этапа реставрационных работ;

- Никитский Каширский монастырь. Церковь Великомученика Никиты, г. Кашира – проведение второго этапа реставрационных работ.

- Казанский храм с. Растовцы (Каширское благочиние) – разработка проекта реставрации.

- Церковь Святой Троицы д. Захарово (Клинское благочиние) – разработка проекта реставрации.

- Крестовоздвиженский храм, д. Марьинка (Ступинское благочиние)- разработка проекта реставрации.

- Гуслицкий Преображенский монастырь. Колокольня с церковью Фотия, митрополита Московского» г. Куровское – разработка проекта реставрации

- Богородицерождественский храм с. Якоть (Дмитровское благочиние);

- Одигитриевский храм с. Чернево (Зарайское благочиние);

- Христорождественский храм д. Мытники (Рузское благочиние);

- Богородицерождественский храм с. Верховлянь (Малинское благочиние).