Церковь в честь Рождества Богородицы в старинном селе Прудки существовала еще в XVII веке. Каменный храм возведен в 1849 году на средства полковника Петра Игнатьевича Полибина. Церковь сложена из кирпича с деталями из белого камня. Храм красив и внушителен по размерам, выполнен в стиле позднего классицизма, тип постройки – «ротонда на четверике». Алтарь с колокольней соединен обширной трапезной, фасады украшены шестиколонными портиками. В трапезной части освящены два придела: Казанский и Петропавловский.

В конце XIX ст. владельцами имения в селе Прудки становится дворянское семейство Брандтов. Генерал-майор Ф. Ф. Брандт принимал участие в русско-турецкой войне 1877-1878 гг. За храбрость в сражениях за освобождение Болгарии награжден золотым оружием; в парадном мундире он был погребен под алтарем Прудковской церкви.
В году лихолетья храм закрыли, колокольню взорвали, в церковном здании разместили зерносклад, разорили и осквернили захоронение боевого генерала. Исчезли иконы и церковное убранство, пропали красивейшие фрески.

В 1998 году вновь создана церковная община. Собранные пожертвования позволили приступить к восстановительным работам. В настоящее время полностью завершены кровельные работы на куполе, над алтарем и трапезной частью храма, установлен и освящен новый церковный крест, установлены окна и двери, из кирпича сложена алтарная преграда. Иконы Спасителя и Божией Матери для иконостаса писали художники.