Надвратная церковь Преображения Господня (1603 г.) - каменный одноглавый  храм над южными Святыми воротами монастыря. Храм Преображения сооружён на рубеже XVI - XVII веков.

Его нижний ярус с двумя арочными пролётами - ворот и калитки - сложен из белого камня. Верхняя часть храма перестроена, видимо в 1750-х годах, после пожара 1732 года. 

Современное купольное завершение устроено после 1812. Поздний купол исказил первоначальный вид памятника.

После закрытия монастыря в 1922 году Надвратный храм использовался для нужд Красной Армии, впоследствии здание храма пустовало и разрушалось. 

В 1960-1970-х г.г. проводились частичные реставрационные работы, а в 1993 году фрагментарные косметические ремонты.

История монастыря:

Монастырь основан св. Ферапонтом Белозёрским, учеником Сергия Радонежского по просьбе князя Андрея Можайского. Это произошло в 1408 году по прошествии 11 лет от основания им же Белозёрского Ферапонтова монастыря. Посвящение Лужецкого монастыря Рождеству Пресвятой Богородицы связано с решением самого Ферапонта. Видимо праздник Рождества Богородицы был близок душе св. Ферапонта, так как, и Белозёрский монастырь также посвящался Рождеству Богородицы. Кроме того, этот праздник особо чтился князем Андреем. Именно в этот праздник в 1380 году его отец, великий князь московский Дмитрий Иоаннович сражался на поле Куликовом. По преданию, в память о том сражении его мать великая княгиня Евдокия построила в Московском Кремле Церковь Рождества Богородицы. 

Первый каменный собор в честь Рождества Богородицы простоял в Лужецком монастыре до начала XVI века, после чего был разобран, а на его месте, в 1524—1547 годах, выстроен новый, пятиглавый, сохранившейся до наших дней. 

Первый архимандрит Лужецкого монастыря преподобный Ферапонт прожил девяносто пять лет, скончался в 1426 году и был похоронен у северной стены собора. В 1547 году был причислен к лику святых Русской православной церкви. Позже над его захоронением был построен храм. 

Лужецкий монастырь просуществовал до 1929 года, когда согласно протоколу Мособлисполкома и Моссовета от 11 ноября был закрыт, а здания переданы для устройства столовой и клуба воинской части.

В 1994 году монастырь вновь перешел к Церкви. 23 октября состоялось первое после перерыва архиерейское богослужение. А 26 мая 1999 года по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия состоялось обретение мощей преподобного святого Ферапонта, сейчас они покоятся в Соборе Рождества Пресвятой Богородицы.